Temporada 2015

En 2015, Márquez triunfó en cinco carreras en Austin, Sachsenring, Indianapolis, Misano, y Phillip Island, y cuatro segundo lugares. Sin embargo, seis retiros lo dejaron en el tercer puesto en el campeonato de pilotos, detrás de las Yamaha de Jorge Lorenzo y Valentino Rossi.

Fue la temporada del desencuentro con su hasta en ese momento ídolo y amigo Valentino Rossi. Las tensiones comenzaron en el GP de Assen cuando Rossi ganó la carrera atajando en la última chicane del circuito durante la última vuelta ante un intento de adelantamiento de Márquez. Rossi se defendió diciendo ser él quien se encontraba delante, mientras que Márquez alegó ser él quien se encontraba en el interior de la curva. Pero fue en el GP de Malasia donde todo explotó: Márquez, que ya tenía nulas posibilidades de ganar el campeonato, se dedicó las primeras vueltas de la carrera a mantener un gran duelo con Rossi.

Pero este último tenía puesta la mira en Lorenzo (con quien se jugaba el Mundial) que marchaba en primera posición. Valentino decidió poner fin a los ataques de Marc en la curva de entrada a la contra-recta del circuito apartándole de la trazada con su moto, haciéndole aminorar la marcha y, finalmente, propinándole una patada en el manillar derecho de la Honda que supondría que Márquez acabase por los suelos.

En el GP de Cheste, último de la temporada y decisivo para saber el ganador, Márquez quedó detrás de Lorenzo, lo que permitió a este último conseguir el título en detrimento de Rossi (lo que fue valorado por este último como un amaño del campeonato por parte de los pilotos españoles).

Temporada 2016

Tras la decepcionante temporada de 2015, Marc comenzó la nueva temporada sabiendo que su moto no era la mejor y que tenía muchas carencias, como la falta de aceleración y velocidad punta. Aun así salió a por todas en la primera carrera en Qatar, terminando tercero. En las dos siguientes carreras (Argentina y Austin) Marc logro dos importantes victorias dominando de principio a fin. Estas dos victorias en territorio americano daban un poco de aire a Honda y al propio Márquez, ya que ambas partes sabían que en los circuitos europeos sufrirían mas. Tras un conservador GP de España en Jerez, donde Marc acabó tercero de nuevo sin arriesgar lo más mínimo, llegó la primera caída de la temporada en Le Mans. Por suerte Marc consiguió acabar esa carrera en 13º posición, sumando 3 puntos que podrían ser vitales en el futuro.

Tras las primeras 5 carreras del campeonato, Márquez sabía que en esta parte del Mundial le tocaba sumar los máximos puntos posibles sin arriesgar mucho, ya que a la más mínima se podía ir al suelo al acercarse a los límites de su Honda. En Italia tras una batalla épica con Lorenzo en las últimas vueltas, acabo 2º tras ser adelantado por el propio Lorenzo en la misma recta de meta. En Catalunya y Holanda volvió a terminar en 2º posición ambas carreras y poniéndose líder del Mundial tras dos malas carreras del hasta entonces líder Jorge Lorenzo. En la siguiente carrera, Marc volvió a sacar un buen saco de puntos a sus dos rivales por el campeonato, Lorenzo y Rossi. Márquez ganó en Saschenring en una carrera flag to flag trepidante. A partir de ahí, con una gran ventaja de puntos, Márquez se limitó a ir conservando su colchón en las carreras siguientes.

Quinto en Austria, 3º en Brno y dos cuartos puestos en Silverstone y San Marino lo confirman.

En Aragón, uno de los circuitos favoritos de Marc, logró imponerse de nuevo y dejar el campeonato prácticamente sentenciado. Consolida el título ganando el GP de Japón en Motegi, consiguiendo su tercer campeonato mundial en MotoGP y el quinto sumando las demás categorías. Pero en las dos siguientes carreras, en Australia y Malasia, tuvo dos caídas. En Australia no pudo seguir la carrera y en Malasia acabó en la oncena posición.